Thomas Schäfer wurde 1970 in Marburg geboren. Sein Einstieg in die Automobilindustrie war ein duales Studium bei der Daimler AG, das er 1994 als Diplom-Ingenieur in der Fachrichtung Maschinenbau abschloss. Bis 2002 bekleidete er bei Daimler verschiedene leitende Positionen in den Bereichen Produktion und Qualitätssicherung in Deutschland, den USA und Südafrika. Von 2002 bis 2005 war er als Technikvorstand Gründungsmitglied der DaimlerChrysler Malaysia.
Zwischen 2005 und 2012 verantwortete Schäfer in der Stuttgarter Zentrale die Fahrzeugauslieferungen sowie die Kundencenter und das weltweite CKD-Geschäft in Schwellenmärkten.
Im Mai 2012 wechselte Schäfer zur Volkswagen AG. Dort leitete er zunächst die Konzern Produktion Ausland und war mit der Leitung von CKD-Projekten sowie mit Verhandlungen über neue Produktionsstandorte betraut.
Ab 2015 war er in der Funktion des Chairmans und Managing Directors der Volkswagen Group South Africa tätig und verantwortete die Entwicklung der Konzernmarken in der Region Subsahara-Afrika.
Im August 2020 wurde er Vorstandsvorsitzender von ŠKODA AUTO in Tschechien. Er setzte die neue Unternehmensstrategie NEXT LEVEL – ŠKODA STRATEGY 2030 auf, trieb die Elektrifizierung des Modellportfolios voran und legte die Grundlage, um ŠKODA AUTO künftig zur führenden europäischen Marke in Wachstumsregionen wie Indien und Nordafrika zu entwickeln.
Am 1. April 2022 übernahm Thomas Schäfer die Funktion des Chief Operating Officer der Marke Volkswagen.
Seit 1. Juli 2022 ist er Mitglied des Konzernvorstands, CEO der Marke Volkswagen Pkw und Leiter der Markengruppe Core.